Jak udokumentować naprawienie szkody w ramach gwarancji

Jesteśmy firmą, która montuje i serwisuje wykonane przez siebie systemy alarmowe (w tym przypadku system gaszenia gazem). Po wykonaniu przez nas tej usługi i przekazaniu jej właścicielowi obiektu prowadzimy tam na podstawie umowy 24-godz. serwis i konserwację. Przeszkolony pracownik firmy zewnętrznej wyrządził jednak z własnej winy - jak później ustalono - szkodę w tymże obiekcie. W ramach umowy musieliśmy ją naprawić (kosztem były: zakup gazu, nowych uszczelek, dojazd pracowników, robocizna itp). W marcu wystawiliśmy dla firmy, która wyrządziła szkodę, fakturę za naszą pracę ze stawką 22% (w jej treści zapisano: „Ponowne napełnienie butli środkiem gaśniczym w systemie gaszenia zainstalowanym... w związku z nieuzasadnionym wyładowaniem”. Wiemy, że naszą firma przekazała towarzystwu ubezpieczeniowemu, które już w czerwcu zwróciło nam kwotę netto wynikającą z faktury. Brakujący VAT miała przekazać nam firma, która otrzymała fakturę. W lipcu otrzymaliśmy od niej informację telefoniczną, iż winniśmy wystawić dla nich fakturę korektę do faktury z marca i notę obciążeniową w wartości netto faktury z marca. Według nich możemy sobie odliczyć VAT „zakupiony” z towarami potrzebnymi do usunięcia usterek. Nasza księgowa twierdzi, że wykonaliśmy dla nich usługę i dlatego została im wystawiona faktura. Jak postąpić w takim przypadku?